Для сравнения трофических характеристик пелагических и донных сообществ у зоопланктона и зообентоса в Чукотском море был исследован изотопный состав углерода и азота (δ13С и δ15N) в двух различных водных массах. Основная акватория южной части моря (южнее 71о с.ш.) находилась под влиянием беринговоморских водных масс с относительно высокими значениями δ13С и низкими δ15N. В северных районах преобладали холодные арктические воды, в которых отмечено значительное уменьшение величин δ13С и увеличение значений δ15N на 1–3 ‰. Выявленные устойчивые различия в изотопном составе углерода между зоопланктоном и бентосными беспозвоночными в южной части Чукотского моря показали, что донные организмы базируются в основном на донной пищевой цепи и влияние органического вещества из пелагиали незначительно. В северной части Чукотского моря источником органического вещества в донном сообществе в большей степени является продукция из пелагиали, среди которой преобладает взвешенное органическое вещество от продукции ледовых водорослей. Изотопные исследования и данные по питанию рыб показали, что в южной части моря около 90 % исследованных видов донных рыб замыкаются на донную пищевую сеть. В северном районе все образцы донных рыб характеризовались минимальным насыщением δ13С, сопоставимым с таковым пелагических рыб, что указывает на основную роль пелагических объектов (60–80 %) в питании исследованных видов донного нектона. Значения δ15N исследованных гидробионтов в южной и северной частях моря изменяются в широком диапазоне и занимают три трофических уровня. Очевидно, что значения δ15N отражают элемент хищничества и, следовательно, значимость в пищевом рационе консументов первого, второго или третьего порядков.