Для сравнения трофических характеристик в пелагических и донных сообществах в тканях рыб, а также у зоопланктона и зообентоса в Карском море был изучен изотопный состав углерода и азота (δ13С и δ15N). На исследованной акватории у гидробионтов наблюдаются относительно низкие значения δ13С. На основании устойчивых различий в изотопном составе углерода между зоопланктоном и зообентосом граница между пелагическим и донным сообществами соответствует среднему содержанию δ13С –21,5 ‰. Значения δ15N проанализированных гидробионтов в пелагическом и донном сообществах варьировали в диапазоне от 6,4 (у двустворчатых моллюсков Serripes groenlandicus) до 16,3 ‰ (у ликода Lycodes seminudus) и занимали 3 трофических уровня, отражая элемент хищничества. Трофические связи в Карском море демонстрируют высокую степень взаимозависимости донного и пелагического сообществ, поскольку пелагические и донные рыбы в той или иной степени являются потребителями как донной, так и пелагической пищи. Содержание изотопа углерода 13С в тканях и исследования питания рыб показали, что около 40 % рассмотренных видов донного нектона в основном замыкаются на пелагическую пищевую сеть, обходя традиционную глубоководную. У пелагических рыб основу питания составляют пелагические объекты, хотя у доминирующего вида нектона — сайки — с увеличением размеров возрастает доля зообентоса, а у камбалы-ерша — уменьшается.