Внутрипопуляционная дифференциация нерки O ncorhynchus nerka озерно-речных систем восточного побережья Камчатки

Анализ изменчивости 45 локусов однонуклеотидного полиморфизма нерки двух крупных популяционных систем восточной Камчатки показал, что поздняя нерка р. Камчатка подразделяется на две генетически и морфологически дифференцированные группировки: первая представлена мелкими раносозревающими особями, вторая - более крупными и поздносозревающими. Различий между ранней и поздней расами нерки в нижнем течении реки обнаружено не было. Установлено, что стадо нерки р. Апука представлено особями раннего и позднего сроков нереста, различающимися генетически и экологически, сроки хода которых существенно перекрываются. Оценки внутрипопуляционной дифференциации у данного вида сравнимы или же зачастую превышают межпопуляционные различия на локальной географической шкале. Тем не менее данная закономерность не всегда соблюдается, если сравниваются географически удаленные популяции.

нерка, однонуклеотидный полиморфизм, дифференциация, внутрипопуляционная изменчивость, восточная Камчатка, р. Камчатка, р. Апука

1. Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях : моногр. - М. : Наука, 1983. - 279 с.

2. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Омельченко В.Т. Популяционная генетика лососевых рыб : моногр. - М. : Наука, 1997. - 288 с.

3. Берг Л.С. Рыбы пресных вод СССР и сопредельных стран : моногр. - М. : АН СССР, 1948. - Ч. 1. - 466 с.

4. Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Подлесных А.В. Дивергенция митохондриальной ДНК в популяциях нерки (Oncorhynchus nerka Walbaum) озера Азабачьего (Камчатка) // Генетика. - 2003. - Т. 39, № 12. - С. 1687-1692.

5. Брыков Вл.А., Полякова Н.Е., Подлесных А.В. и др. Влияние биотопов размножения на генетическую дифференциацию популяций нерки (Oncorhynchus nerka) // Генетика. - 2005. - Т. 41, № 5. - С. 635-645.

6. Бугаев В.Ф. Азиатская нерка (пресноводный период жизни, структура локальных стад, динамика численности) : моногр. - М. : Колос, 1995. - 464 с.

7. Бугаев В.Ф. Азиатская нерка-2 (биологическая структура и динамика численности локальных стад в конце ХХ - начале ХХI вв.) : моногр. - Петропавловск-Камчатский : Камчатпресс, 2011. - 380 с.

8. Бугаев В.Ф. Методика идентификации в уловах прибрежного и речного промысла особей основных локальных стад и группировок нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) бассейна р. Камчатка // Вопр. ихтиол. - 1986. - Т. 26, вып. 4. - С. 600-609.

9. Бугаев В.Ф. Нерка реки Камчатки (биология, численность, промысел) : моногр. - Петропавловск-Камчатский : Камчатпресс, 2010. - 232 с.

10. Варнавская Н.В. Генетическая дифференциация популяций тихоокеанских лососей : моногр. - Петропавловск-Камчатский : КамчатНИРО, 2006. - 488 с.

11. Глубоковский М.К. Эволюционная биология лососевых рыб : моногр. - М. : Наука, 1995. - 343 с.

12. Гордеева Н.В. Высокие оценки дифференциации популяций горбуши Oncorhynchus gorbuscha по локусу главного комплекса гистосовместимости MHC-I A1 поддерживают гипотезу «локальных стад» // Вопр. ихтиол. - 2012. - Т. 52, № 1. - С. 72-81.

13. Иванков В.Н. Экотипы лососевых рыб // Морфология и систематика лососевых рыб. - Л. : ЗИН АН СССР, 1985. - С. 47-54.

14. Ильина Л.В. Динамика численности и генетического состава популяций нерки озера Азабачьего / ИБМ ДВО РАН. - Владивосток, 1987. - 21 с. - Деп. в ВИНИТИ, № 8060-В87.

15. Кловач Н.В., Ельников А.Н. Структура нерестового стада нерки (Oncorhynchus nerka) р. Апука (Северо-Восточная Камчатка) // Исслед. вод. биол. ресурсов Камчатки и сев.-зап. части Тихого океана : сб. науч. тр. - Петропавловск-Камчатский : КамчатНИРО, 2013. - Вып. 30. - С. 39-43.

16. Кловач Н.В., Рой В.И. Структура стада нерки Oncorhynchus nerka реки Апука (Северо-Восточная Камчатка) // Вопр. ихтиол. - 2010. - Т. 50, № 4. - С. 510-514.

17. Коновалов С.М. Популяционная биология тихоокеанских лососей : моногр. - М. : Наука, 1980. - 237 с.

18. Крогиус Ф.В. Сезонные расы красной Oncorhynchus nerka (Walb.) и ее нерестилища в водоемах Камчатки // Биологические основы развития лососевого хозяйства в водоемах СССР. - М. : Наука, 1983. - С. 18-31.

19. Крохин Е.М. Нерестилища красной Oncorhynchus nerka Walb. (очерк геоморфологии, температурного режима и гидрохимии) // Вопр. ихтиол. - 1960. - Т. 16. - С. 89-110.

20. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Молекулярное клонирование : моногр. - М. : Мир, 1984. - 480 c.

21. Никольский Г.В. Экология рыб : моногр. - М. : Высш. шк., 1974. - 367 с.

22. Новосельская А.Ю., Новосельский Ю.И., Алтухов Ю.П. Физико-химические характеристики нерестилищ и наследственная гетерогенность стада нерки, Oncorhynchus nerka (Walbaum), оз. Азабачьего // Генетика. - 1982. - Т. 43, №. 6. - С. 1004-1011.

23. Пильганчук О.А. Генетическая структура нерки, Oncorhynchus nerka (Walbaum), полуострова Камчатка : дис. … канд. биол. наук. - Петропавловск-Камчатский : КамчатНИРО, 2014. - 135 с.

24. Пильганчук О.А., Шпигальская Н.Ю. Популяционно-генетическая дифференциация нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum, 1792) восточного побережья Камчатки // Биол. моря. - 2013. - Т. 39, № 5. - С. 371-379.

25. Правдин И.Ф. Руководство по изучению рыб. - М. : Пищ. пром-сть, 1966. - 373 с.

26. Пустовойт С.П. Внутрипопуляционная генетическая изменчивость и межпопуляционная дифференциация азиатской нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) // Генетика. - 1994. - Т. 30, № 1. - С. 101-106.

27. Пустовойт С.П. Генетическая гетерогенность нерестового стада нерки, Oncorhynchus nerka (Walb.), р. Камчатка // Генетика. - 1993. - Т. 29, № 5. - С. 808-819.

28. Пустовойт С.П. Генетическая изменчивость малочисленной популяции нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) р. Ола (северное побережье Охотского моря) // Генетика. - 2001. - Т. 37, № 12. - С. 1657-1662.

29. Пустовойт С.П., Макоедов А.Н. Генетическая и фенетическая изменчивость нерки, Oncorhynchus nerka (Walbaum), р. Камчатка // Генетика. - 1992. - Т. 28, № 6. - С. 141-149.

30. Хрусталева А.М., Волков А.А., Стоклицкая Д.С. и др. Сравнительный анализ изменчивости STR- и SNP-локусов в популяциях нерки (Oncorhynchus nerka) восточной и западной Камчатки // Генетика. - 2010. - Т. 46, № 11. - С. 1544-1555.

31. Хрусталева А.М., Гриценко О.Ф., Кловач Н.В. Полиморфизм по однонуклеотидным заменам (SNP) в популяциях нерки Oncorhynchus nerka п-ова Камчатка // Генетика. - 2013. - Т. 49, № 11. - С. 1322-1336.

32. Хрусталева А.М., Кловач Н.В., Гриценко О.Ф., Сиб Д.Е. Внутри- и межпопуляционная изменчивость нерки Оncorhynchus nerka юго-западного побережья Камчатки по данным однонуклеотидного полиморфизма // Генетика. - 2014. - Т. 50, № 7. - С. 840-852.

33. Шпигальская Н.Ю., Шапорев Р.А., Збоева Е.Н., Варнавская Н.В. Генетическая дифференциация по аллозимным локусам локальных популяций нерки Оncorhynchus nerka (Walbaum) в бассейне р. Камчатка (п-ов Камчатка) // Популяционная биология, генетика и систематика гидробионтов : сб. науч. тр. - Петропавловск-Камчатский : КамчатНИРО, 2005. - Т. 1. - С. 104-119.

34. Ackerman M.W., Habicht C., Seeb L.W. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) under diversifying selection provide increased accuracy and precision in mixed-stock analyses of sockeye salmon from the Copper River, Alaska // Trans. Amer. Fish. Soc. - 2011. - Vol. 140(3). - P. 865-881.

35. Beacham T.D., McIntosh B., MacConnachie C. et al. Pacific Rim population structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) as determined from microsatellite analysis // Trans. Amer. Fish. Soc. - 2006a. - Vol. 135. - P. 174-187.

36. Beacham T.D., Varnavskaya N.V., McIntosh B., MacConnachie C. Population structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) from Russia determined with microsatellite DNA variation // Trans. Amer. Fish. Soc. - 2006b. - Vol. 135. - P. 97-109.

37. Burgner R.L. Factors influencing age and growth of juvenile sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in lakes // Sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) population biology and future management. - Can. Spec. Publ. Fish. Aquat. Sci. - 1987. - Vol. 96. - P. 129-142.

38. Creelman E.K., Hauser L., Simmons R.K. et al. Temporal and geographic genetic divergence: characterizing sockeye salmon populations in the Chignik Watershed, Alaska, using single-nucleotide polymorphisms // Trans. Amer. Fish. Soc. - 2011. - Vol. 140(3). - P. 749-762.

39. Elfstrom C.M., Smith C.T., Seeb J.E. Thirty-two single nucleotide polymorphism markers for high-throughput genotyping of sockeye salmon // Mol. Ecol. Notes. - 2006. - Vol. 6(4). - P. 1255-1259.

40. Excoffier L., Laval G., Schneider S. Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis // Evolutionary Bioinformatics Online. - 2005. - Vol. 1. - P. 47-50.

41. Gomez-Uchida D., Seeb J.E., Smith M.J. et al. Single nucleotide polymorphisms unravel hierarchical divergence and signatures of selection among Alaskan sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) populations : BMC Evolutionary Biology. - 2011. - Vol. 11. - 48 p. http://www.biomedcentral.com/1471-2148/11/48.

42. Goudet J. FSTAT (vers. 1.2): a computer program to calculate F-statistics. // J. Heredity. - 1995. - Vol. 86. - Р. 485-486.

43. Habicht C., Seeb L.W., Myers K.W. et al. Summer-Fall Distribution of Stocks of Immature Sockeye Salmon in the Bering Sea as Revealed by Single-Nucleotide Polymorphisms // Trans. Amer. Fish. Soc. - 2010. - Vol. 139(4). - P. 1171-1191.

44. Morin P.A., Luikart G., Wayne R.K. et al. SNPs in ecology, evolution and conversation // TRENDS in Ecology and Evolution. - 2004. - Vol. 19, № 4. - P. 208-216.

45. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. - 2000. - Vol. 155, № 2. - Р. 945-959.

46. Raymond M., Rousset F. GENEPOP (version 1.2): population genetics software for exact tests and ecumenicism // J. Heredity. - 1995. - Vol. 86. - P. 248-249.

47. Seeb J.E., Pascal C.E., Ramakrishnan R., Seeb L.W. SNP genotyping by the 5’-nuclease reaction: advances in high-throughput genotyping with nonmodel organisms // Methods Mol. Biol. - 2009. - № 578. - P. 277-292.

48. Smith C.T., Elfstrom C.M., Seeb J.E., Seeb L.W. Use of sequence data from rainbow trout and Atlantic salmon for SNP detection in Pacific salmon // Molecular Ecology. - 2005. - Vol. 14. - P. 4193-4203.

49. Varnavskaya N.V., Wood C.C., Everett R.J. Genetic variation in sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) populations of Asia and North America // Can. J. Fish Aquat. Sci. - 1994a. - Vol. 51 (Suppl.). - P. 132-146.

50. Varnavskaya N.V., Wood C.C., Everett R.J. et al. Genetic differentiation of subpopulations of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) within lakes of Alaska. British Columbia and Kamchatka // Can. J. Fish Aquat. Sci. - 1994b. - Vol. 51 (Suppl.). - P. 147-157.

51. Wood С.С. Life history variation and population structure in sockeye salmon // Evolution and the aquatic ecosystem: defining unique units in population conservation : Am. Fish. Soc. Symp. - Bethesda, Maryland, 1995. - Vol. 17. - P. 195-216.